En Linux (probado en Ubuntu):

/etc/init.d/mysql start --lower_case_table_names=1

También se puede incluir en el archivo de configuración my.cnf.

En Windows se incluye en el archivo my.ini; como su sistema de ficheros no es sensible a la capitalización, hay que usar esta opción (y luego reiniciar el servicio):

[mysqld]

lower_case_table_names = 2

Una explicación más larga y mejor, aquí.