En Linux (probado en Ubuntu):
/etc/init.d/mysql start --lower_case_table_names=1
También se puede incluir en el archivo de configuración my.cnf.
En Windows se incluye en el archivo my.ini; como su sistema de ficheros no es sensible a la capitalización, hay que usar esta opción (y luego reiniciar el servicio):
[mysqld]
lower_case_table_names ...